Hospital Kuala Kubu Bharu telah memulakan program Sistem Pengurusan Kualiti (SPK) MS ISO 9001 sebagai salah satu piawai untuk menjamin penghayatan budaya kualiti di kalangan anggota HKKB dan memastikan semua perkhidmatan beroperasi berdasarkan sistem kualiti yang bersesuaian dengan piawaian tersebut.

Bagi memastikan sistem pengurusan kualiti sentiasa di tahap yang cemerlang, HKKB sentiasa komited dan berusaha dalam memastikan pensijilan MS ISO 9001 dikekalkan sehingga kini. HKKB telah memperolehi pensijilan pertama iaitu Pensijilan MS ISO 9001:2000 pada tahun 2004 daripada badan pensijilan yang dipilih iaitu SIRIM QAS International Sdn. Bhd.

Sehingga kini, HKKB telah mengekalkan pensijilan MS ISO 9001 melalui dua versi iaitu:-

1. Versi ISO 9001:2000 - tahun 2004 hingga 2009
2. Versi ISO 9001:2008 - tahun 2009 hingga 2016

Seiring dengan peralihan versi ISO 9001:2008 kepada versi ISO 9001:2015 yang dilancarkan pada September 2015, HKKB juga komited untuk menaik taraf versi ISO 9001 kepada versi terkini pad tahun 2017. Bermula 1 November 2016, HKKB telah memulakan peralihan Sistem Pengurusan Kualiti kepada versi ISO 9001:2015 dan sedang dalam proses persediaan ke arah menaik taraf pensijilan ISO 9001:2015 pada tahun 2017.